Logiciel de facturation auto-entrepreneur : les meilleurs en 2026

En micro-entreprise, la facturation paraît simple : pas de TVA à calculer en franchise en base, quelques clients, un modèle de facture. Mais il faut aussi tenir un livre des recettes, déclarer votre chiffre d'affaires chaque mois ou chaque trimestre, et vous préparer à la facture électronique : vous devez déjà pouvoir en recevoir, et vous devrez en émettre à partir du 1^er septembre 2027. J'ai comparé sept logiciels de facturation adaptés aux micro-entrepreneurs, avec des offres relevées le 3 octobre 2026.

Réponse rapide

Vos obligations de facturation en micro-entreprise

• Faire des factures conformes à vos clients professionnels, et à vos clients particuliers dans les cas prévus, avec les mentions obligatoires (voir ci-dessous).
• Tenir un livre des recettes : montant et origine de chaque recette (client), mode de règlement, référence de la facture, avec un total tous les trois mois. Les commerçants et les loueurs de logement tiennent aussi un registre des achats. Ces registres peuvent être tenus par un logiciel, ne doivent plus être modifiés une fois les écritures enregistrées, et se conservent 10 ans.
• Déclarer votre chiffre d'affaires à l'Urssaf chaque mois ou chaque trimestre : chaque déclaration manquante entraîne une pénalité de 60,1 €.
• Ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité si votre chiffre d'affaires dépasse 10 000 € pendant deux années civiles de suite.
• Recevoir les factures électroniques par une plateforme agréée depuis le 1^er septembre 2026, et émettre les vôtres au format électronique à partir du 1^er septembre 2027 pour vos clients professionnels établis en France. Pour vos ventes aux particuliers, vous transmettrez des données de vente à l'administration (e-reporting). Tout est détaillé dans notre guide du logiciel de facturation électronique.

Un bon logiciel de facturation pour auto-entrepreneur couvre au minimum les factures, le livre des recettes et la plateforme agréée. Les meilleurs y ajoutent l'estimation de vos cotisations et les alertes de dépassement des seuils de TVA.

Les mentions obligatoires d'une facture d'auto-entrepreneur

Votre logiciel les ajoute pour vous, mais vérifiez qu'elles y sont :

À partir du 1^er septembre 2027 s'ajoutent le SIREN de votre client professionnel, la catégorie de l'opération (vente, prestation ou les deux) et, si elle diffère, l'adresse de livraison. Notez dès aujourd'hui le SIREN de vos clients professionnels dans votre logiciel.

Comment j'ai comparé ces logiciels

J'ai relevé le 3 octobre 2026 les offres et les prix sur les sites officiels, vérifié chaque statut de plateforme agréée sur la liste de la DGFiP (mise à jour du 22 septembre 2026), et noté chaque logiciel sur cinq critères pensés pour un micro-entrepreneur : l'offre gratuite, la facture électronique, les outils de la micro-entreprise (livre des recettes, cotisations, seuils), la simplicité et le coût des options utiles.

1. Abby : le plus complet pour un micro-entrepreneur

Abby couvre en gratuit tout ce qu'un micro-entrepreneur doit tenir : devis et factures illimités, livre des recettes et des achats, estimation de vos cotisations Urssaf et alertes quand vous approchez des seuils de TVA, avec la facture électronique incluse (Abby est plateforme agréée depuis le 29 janvier 2026). Les options qui comptent sont payantes : l'envoi des factures par e-mail, le paiement par carte et la déclaration Urssaf arrivent avec Start (9 € HT par mois), les relances d'impayés et la signature électronique avec Pro (15 € HT). Abby a même une offre dédiée aux services à la personne. Lors de notre relevé, une promotion de 40 % faisait passer Start à 5,40 € et Pro à 9 €, avec 14 jours d'essai.

2. Indy : facturation et comptabilité automatisée gratuites

Indy est gratuit pour une micro-entreprise avec son offre Essentiel : facturation électronique, devis et factures illimités et comptabilité automatisée à partir de votre compte bancaire. C'est le bon choix si vous voulez que vos recettes et vos dépenses se classent presque seules. Les relances automatiques et la signature électronique demandent l'offre Plus (9 € HT par mois en annuel, 12 € en mensuel). Indy est plateforme agréée depuis le 9 janvier 2026.

3. Dougs : la facturation gratuite sans limite

Dougs propose une facturation électronique gratuite « sans limite de volume et sans obligation d'achat », pensée aussi pour les auto-entrepreneurs : devis personnalisés transformés en factures en un clic, avoirs, catalogue, suivi des encaissements, plateforme agréée et e-reporting de vos ventes aux particuliers. Il ne met pas en avant de livre des recettes ni d'estimation des cotisations : c'est un outil de facturation, pas un assistant de micro-entreprise. Dougs vit de son offre d'expert-comptable, facultative.

4. Tiime : gratuit, avec factures d'acompte

L'offre Free de Tiime, présentée comme idéale pour les auto-entrepreneurs, est gratuite et sans carte bancaire : factures et devis illimités, factures d'acompte, plusieurs taux de TVA, suivi du chiffre d'affaires et plateforme agréée. Les offres payantes imposent le compte professionnel Tiime (Initial à 9,99 € HT par mois) et ajoutent la synchronisation bancaire, puis les liens de paiement et le recouvrement des impayés dans Business (24,99 € HT).

5. Pennylane : une offre gratuite réservée aux micro-entreprises

Pennylane réserve son offre Free aux micro-entreprises : vous éditez et recevez vos factures en conformité avec la facturation électronique, gratuitement, avec un utilisateur. Le compte professionnel et l'encaissement des paiements arrivent avec Starter (7 € HT par mois), puis Basique (14 €) et Essentiel (24 €), jusqu'à 1 200 factures par an. Un bon choix si vous pensez évoluer vers une comptabilité plus complète, ou si votre expert-comptable utilise Pennylane.

6. Henrri : relances et paiement par carte gratuits

Henrri est gratuit et illimité, avec des fonctions que les autres font payer : relances automatiques de vos clients, paiement par carte en ligne, rapprochement bancaire et validation des devis en ligne. Il annonce que l'émission et la réception des factures électroniques sont incluses gratuitement, par une plateforme partenaire : demandez-lui laquelle avant de vous engager. Il ne propose pas de livre des recettes ni de suivi des cotisations comme Abby.

7. Freebe : payant, mais taillé pour les freelances

Freebe n'est pas gratuit, mais c'est l'un des outils les plus pensés pour les freelances en micro-entreprise : devis et factures illimités, synchronisation avec plus de 450 banques, déclaration Urssaf pré-remplie, trésorerie en temps réel, paiement en ligne sans commission annoncée, livre des recettes et des achats et suivi du temps passé. Il coûte 150 € TTC par an, avec 30 jours d'essai. Pour la réforme, Freebe annonce des factures « conformes à la facturation électronique 2026 » sans préciser par quelle plateforme agréée elles passent : il n'est pas lui-même dans la liste officielle.

Comparatif des logiciels pour auto-entrepreneur

Offres relevées le 3 octobre 2026 sur les sites officiels. Statuts vérifiés sur la liste des plateformes agréées de la DGFiP (mise à jour du 22 septembre 2026). Les notes reposent sur les offres publiées.

Et avec un compte professionnel ?

Si vous cherchez aussi une banque pour votre activité, sachez que Qonto (Basic à 9 € HT par mois) et Shine (Start à 9 € HT par mois) incluent devis, factures illimitées et une plateforme agréée dans leurs abonnements : les deux figurent dans la liste officielle. Pratique pour tout gérer au même endroit, mais un logiciel de facturation gratuit reste moins cher si vous gardez votre banque actuelle. Rappel : un compte dédié n'est obligatoire qu'au-delà de 10 000 € de chiffre d'affaires pendant deux années civiles de suite.

Quel logiciel de facturation choisir pour votre micro-entreprise ?

• Vous voulez tout suivre gratuitement (recettes, cotisations, seuils) → Abby
• Vous voulez une comptabilité qui se fait seule → Indy
• Vous voulez seulement des devis et factures, sans limite → Dougs ou Tiime
• Vous voulez relancer et encaisser par carte sans payer → Henrri
• Vous êtes freelance et voulez la déclaration Urssaf pré-remplie → Freebe ou Abby Start
• Vous êtes artisan du bâtiment → voir les logiciels de devis et facturation pour le bâtiment

Vous cherchez d'autres outils pour votre activité ? Notre guide des compléments de revenu en ligne et notre comparatif des logiciels de facturation gratuits complètent celui-ci.

Questions fréquentes

Quel est le meilleur logiciel de facturation gratuit pour auto-entrepreneur ?

Abby : son offre gratuite réunit devis et factures illimités, livre des recettes et des achats, estimation des cotisations Urssaf et alertes de seuils de TVA, avec une plateforme agréée pour la facture électronique. Indy est le meilleur choix si vous voulez aussi une comptabilité automatisée gratuite, et Dougs si vous voulez la facturation gratuite la plus complète.

Un auto-entrepreneur doit-il utiliser un logiciel de facturation ?

Ce n'est pas une obligation en soi, mais cela le devient en pratique : depuis le 1^er septembre 2026, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques par une plateforme agréée, et à partir du 1^er septembre 2027 vos factures aux entreprises devront passer par une plateforme agréée. Un logiciel gratuit relié à une plateforme règle les deux.

Quelles mentions sur une facture d'auto-entrepreneur ?

Votre nom précédé ou suivi de « EI » ou « Entrepreneur individuel », votre adresse et votre numéro SIREN, la date, un numéro de facture unique et continu, l'identité du client, le détail des prestations ou produits, le total, la date de paiement et les pénalités de retard. En franchise en base : « TVA non applicable, art. 293 B du CGI ». À partir de septembre 2027 s'ajoutent notamment le SIREN du client professionnel et la catégorie de l'opération.

Les auto-entrepreneurs sont-ils concernés par la facture électronique ?

Oui, même en franchise en base de TVA. Vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques depuis le 1^er septembre 2026 et vous devrez émettre les vôtres au format électronique à partir du 1^er septembre 2027, pour vos clients professionnels établis en France. Pour vos ventes aux particuliers, vous transmettrez des données à l'administration (e-reporting).

Un micro-entrepreneur doit-il tenir un livre des recettes ?

Oui. Vous devez enregistrer chronologiquement le montant et l'origine de vos recettes, le mode de règlement et la référence des factures, et faire le total tous les trois mois. Les commerçants et les loueurs de logement tiennent aussi un registre des achats. Ces registres peuvent être tenus par un logiciel et doivent être conservés 10 ans.

Un logiciel peut-il déclarer mon chiffre d'affaires à l'Urssaf ?

Certains s'en chargent ou vous mâchent le travail : Abby inclut la déclaration Urssaf dans son offre Start (9 € HT par mois), et Freebe prépare une déclaration pré-remplie. En gratuit, Abby estime vos cotisations. N'oubliez pas : chaque déclaration de chiffre d'affaires manquante entraîne une pénalité de 60,1 €.

Conclusion : ma recommandation

Transparence : aucun lien de cet article n'est affilié. Tarmou.fr ne touche aucune commission sur les logiciels cités.

Sources et ressources

• Obligations comptables du micro-entrepreneur et registres obligatoires (Service Public Entreprendre)
• Mentions obligatoires sur une facture (Service Public Entreprendre)
• Franchisé en base, micro-entrepreneur : suis-je concerné par la facturation électronique ? (impots.gouv.fr)
• Liste des plateformes agréées (impots.gouv.fr)
• Offres officielles : Abby, Indy, Dougs, Tiime, Pennylane, Henrri, Freebe, Qonto, Shine