Logiciel de comptabilité auto-entrepreneur : lequel choisir en 2026 ?

La micro-entreprise a été pensée pour simplifier la comptabilité, et elle y parvient : pas de bilan, pas d'expert-comptable obligatoire. Mais « allégée » ne veut pas dire « absente ». Vous devez pouvoir montrer, à tout moment, ce que vous avez encaissé, de qui et comment. Voici ce que la règle exige, vérifié sur le site de l'administration, et les logiciels qui tiennent ce suivi à votre place, dont deux gratuits.

Réponse rapide

Vos obligations comptables d'auto-entrepreneur

Un micro-entrepreneur a une comptabilité allégée : pas de bilan ni de compte de résultat, mais un livre des recettes obligatoire, et parfois un registre des achats. Voici ce que rappelle le site entreprendre.service-public.gouv.fr :

Chaque déclaration de chiffre d'affaires manquante entraîne une pénalité de 60,1 €. S'y ajoute la réforme de la facture électronique : depuis le 1^er septembre 2026, vous devez pouvoir recevoir des factures électroniques, et vous devrez émettre les vôtres dans ce format à partir du 1^er septembre 2027. Les détails sont dans notre guide du logiciel de facturation électronique.

Le livre des recettes, ligne par ligne

Le livre des recettes est la pièce centrale de votre comptabilité : une ligne par encaissement, dans l'ordre des dates. Il peut être tenu sur papier ou sous forme électronique. Voici à quoi il ressemble :

Exemple fictif. La date à retenir est celle de l'encaissement, pas celle de la facture.

Trois règles pour qu'il soit recevable. Enregistrez les recettes au fur et à mesure, pas en fin d'année. Ne modifiez plus une ligne une fois saisie : en cas d'erreur, corrigez par une nouvelle ligne. Et gardez la facture ou le justificatif correspondant à chaque ligne.

Les seuils à surveiller dans votre comptabilité

Tenir ses comptes sert aussi à voir venir deux seuils, qui changent vos obligations.

C'est la raison d'être des alertes proposées par certains logiciels : elles vous préviennent avant le dépassement, pas après. Si vous approchez de l'un de ces seuils, parlez-en à un expert-comptable ou à votre Urssaf : les règles de dépassement comportent des tolérances qui dépendent de votre situation.

Comment j'ai comparé ces solutions

J'ai vérifié les règles sur entreprendre.service-public.gouv.fr (fiche vérifiée le 7 septembre 2026) et relevé les prix sur les sites des éditeurs les 3 et 5 octobre 2026 (liens en fin d'article). Je ne donne pas de note ici : ces logiciels sont déjà classés, pour la facturation, dans notre comparatif des logiciels de facturation pour auto-entrepreneur. Je regarde uniquement ce qu'ils font pour vos comptes : livre des recettes, suivi de la banque, cotisations, seuils, déclarations.

1. Abby : le suivi le plus complet en gratuit

Abby est le logiciel gratuit qui en fait le plus pour la comptabilité d'un micro-entrepreneur : son offre Basique tient le livre des recettes et le registre des achats, estime vos cotisations Urssaf et vous alerte à l'approche du seuil de TVA. Les factures et les devis y sont illimités, et la facturation électronique est comprise, Abby étant plateforme agréée. Les offres payantes ajoutent le confort : l'envoi des documents par email avec Start (9 € par mois), la connexion bancaire, les relances et la signature avec Pro (15 €), puis Business (33 €). Une promotion de rentrée était affichée lors de notre relevé du 3 octobre 2026.

2. Indy : la comptabilité automatisée, gratuite

Indy vient de la comptabilité plus que de la facturation : son offre gratuite, Essentiel, comprend une comptabilité automatisée, avec des devis et des factures illimités. Elle ne comprend pas les déclarations fiscales, réservées à l'offre Premium (22 € HT par mois en annuel pour un entrepreneur individuel à l'impôt sur le revenu). L'offre Plus (9 € HT par mois en annuel, 12 € au mois) ajoute la signature électronique et les relances automatiques. Indy est plateforme agréée, et la facturation électronique est gratuite dans toutes ses offres. C'est un bon choix si vous pensez quitter un jour la micro-entreprise : l'outil vous suivra au régime réel.

3. Freebe : la déclaration à l'Urssaf pré-remplie

Freebe est un outil payant, conçu pour les freelances en micro-entreprise : il synchronise votre banque et prépare votre déclaration de chiffre d'affaires à l'Urssaf. Il coûte 150 € TTC par an, avec 30 jours d'essai sans carte bancaire, des devis et des factures illimités, le paiement en ligne et le suivi du temps. Un point à vérifier avant de vous abonner : Freebe se dit conforme à la facturation électronique, mais il ne figurait pas sur la liste officielle des plateformes agréées lors de notre relevé du 3 octobre 2026. Demandez-lui par quelle plateforme passeront vos factures.

4. Macompta.fr : un vrai logiciel de comptabilité

Macompta.fr est un logiciel de comptabilité en ligne, dont l'offre Simplifiée s'adresse notamment aux auto-entrepreneurs. Pour 7,04 € HT par mois, elle comprend le suivi de trésorerie, la connexion bancaire avec des imputations automatiques, une saisie simplifiée et les notes de frais. Elle produit aussi un bilan et un compte de résultat, que le régime micro ne vous demande pas. C'est plus qu'il n'en faut pour une micro-entreprise qui démarre ; c'est en revanche un bon choix si vous approchez des plafonds et que vous préparez un passage au régime réel ou en société, puisque le même outil servira ensuite.

5. Un tableur : gratuit, à condition d'être rigoureux

La loi demande un livre des recettes, pas un logiciel : un tableur convient donc, si vous le tenez à jour. Créez un onglet par année, avec les colonnes du tableau présenté plus haut, et ajoutez un total par trimestre pour préparer vos déclarations. Si vous vendez des marchandises ou louez un hébergement, ajoutez un second onglet pour le registre des achats. Deux précautions : ne modifiez jamais une ligne passée, et sauvegardez le fichier ailleurs que sur votre ordinateur. La déclaration du chiffre d'affaires se fait ensuite sur le site de l'Urssaf réservé aux auto-entrepreneurs, gratuitement.

Comparatif des solutions de comptabilité pour auto-entrepreneur

Prix relevés sur les sites officiels le 3 octobre 2026 (Abby, Indy, Freebe) et le 5 octobre 2026 (Macompta.fr). Un tiret signifie que la fonction n'était pas annoncée sur la page relevée, pas qu'elle est absente : vérifiez sur le site de l'éditeur.

Quelle solution choisir pour votre comptabilité ?

• Vous faites quelques factures par mois → un tableur, ou Abby gratuit
• Vous voulez factures et livre des recettes au même endroit, sans payer → Abby ou Indy
• Vous craignez de dépasser un seuil sans le voir → Abby
• Vous voulez la banque synchronisée et la déclaration préparée → Freebe
• Vous pensez quitter la micro-entreprise bientôt → Indy ou Macompta.fr
• Vous vendez des marchandises → un outil qui tient aussi le registre des achats, comme Abby

Pour débuter dans le statut, voyez aussi notre guide pour se lancer en freelance, qui détaille le calcul d'un tarif après cotisations.

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Questions fréquentes sur la comptabilité des auto-entrepreneurs

Quel logiciel de comptabilité pour un auto-entrepreneur ?

Abby et Indy ont chacun une offre gratuite qui couvre l'essentiel : factures, livre des recettes et suivi du chiffre d'affaires. Abby y ajoute l'estimation des cotisations et les alertes de seuil de TVA. Freebe, à 150 € TTC par an, synchronise la banque et pré-remplit la déclaration à l'Urssaf. Macompta.fr coûte 7,04 € HT par mois.

Existe-t-il un logiciel de comptabilité gratuit pour auto-entrepreneur ?

Oui. Les offres gratuites d'Abby et d'Indy tiennent le livre des recettes à partir de vos factures, sans limite de durée. Un tableur convient aussi, puisque la loi ne demande qu'un livre des recettes, à condition de le tenir à jour et de ne plus modifier les lignes enregistrées.

Quelles sont les obligations comptables d'un auto-entrepreneur ?

Tenir un livre des recettes, qui enregistre chaque encaissement avec son montant, son origine et le mode de règlement. Tenir en plus un registre des achats pour les activités de vente et d'hébergement. Conserver les justificatifs pendant 10 ans, déclarer le chiffre d'affaires à l'Urssaf chaque mois ou chaque trimestre, et ouvrir un compte bancaire dédié au-delà de 10 000 € de chiffre d'affaires pendant deux années de suite.

Un auto-entrepreneur doit-il faire un bilan ?

Non. Le régime de la micro-entreprise prévoit une comptabilité allégée : pas de bilan ni de compte de résultat à établir. Un livre des recettes, et un registre des achats pour certaines activités, suffisent.

Peut-on tenir sa comptabilité d'auto-entrepreneur sur Excel ?

Oui. Le livre des recettes peut être tenu sur papier ou sous forme électronique. Dans un tableur, enregistrez chaque encaissement dans l'ordre chronologique, avec le client, le montant, le mode de règlement et la référence de la facture, et ne modifiez plus une ligne une fois saisie. Un logiciel gratuit fait la même chose automatiquement à partir de vos factures.

Faut-il un compte bancaire professionnel quand on est auto-entrepreneur ?

Un compte bancaire dédié à l'activité devient obligatoire quand le chiffre d'affaires dépasse 10 000 € pendant deux années civiles consécutives. La règle parle d'un compte dédié, c'est-à-dire séparé de votre compte personnel. L'ouvrir dès le départ simplifie beaucoup le suivi de vos recettes.

Conclusion : ma recommandation

Passez à l'action :

1. Faites le quiz en haut de page pour confirmer votre choix.
2. Reprenez vos encaissements depuis le 1^er janvier dans l'outil choisi.
3. Notez dans votre agenda vos dates de déclaration à l'Urssaf.

Transparence : aucun lien de cet article n'est affilié. Tarmou.fr ne touche aucune commission sur les logiciels cités. Les règles rappelées ici sont celles publiées par l'administration à la date indiquée ; elles ne remplacent pas un conseil adapté à votre situation.

Sources et ressources

• Obligations comptables du micro-entrepreneur (entreprendre.service-public.gouv.fr, vérifié le 7 septembre 2026)
• Registres obligatoires du micro-entrepreneur (entreprendre.service-public.gouv.fr)
• Le site de l'Urssaf pour les auto-entrepreneurs, pour déclarer le chiffre d'affaires
• Tarifs officiels : Abby, Indy, Freebe, Macompta.fr
• Logiciel de facturation auto-entrepreneur : les meilleurs en 2026